Drugi definitivni način lečenja hipertiroidizma je hirurško uklanjanje dela ili cele žlezde. U Evropi se operativno lečenje još uvek više koristi od radiojoda. Operativno lečenje Bazedovljeve bolesti je čest izbor u pacijenata koji ne tolerišu tionamide (teška alergija, toksične reakcije, hepatitis, agranulocitoza) ili je prvi pokušaj medikamentne terapije bio neuspešan. Operacija je nekada jedini izbor u teškom hipertiroidizmu u trudnoći kada ne smeju da se daju velike doze tionamida pošto prolaze placentu.