Hipotiroidizam novorođenčeta se obično otkriva traganjem na rođenju. Lečenje se započinje odmah i obično nema ozbiljnijih i primetnih posledica na rast i razvoj deteta. Ako se problem ne primeti ili se ne leči, pojaviće se zastoj u rastu i razvoju, naročito centralnog nervnog sistema.
Deca sa hipotiroidizmom imaju iste simptome kao i odrasli ali je posebno primetan usporen rast uprkos normalnom porastu telesne težine. Kada se počne sa primenom tiroidnih hormona dete obično postiže očekivani rast odnosno ne zaostaje za vršnjacima što je psihološki veoma važno. Ako se hipotiroidizam javi posle dve godine života, nema poremećaja u razvoju centralnog nervnog sistema.